马山县位于广西壮族自治区中北部，自治区首府南宁市北部，红水河中段南岸、大明山北麓；北纬23°24′06″—24°02′06″，东经107°41′38″—108°29′00″；地处北半球，属亚热带湿润性季风气候。县域东与上林县镇圩瑶族乡、来宾市忻城县北更乡、遂意乡交界，西与百色市平果市坡造乡和旧城镇、河池市大化瑶族自治县大化镇接壤，南与武鸣区两江乡、府城镇、灵马镇相邻，北隔红水河与河池市都安瑶族自治县安阳镇相望。马山县土地面积2340.76平方千米。县人民政府驻白山镇西华路东一里1号，东距柳州市城区230千米，南距首府南宁市城区96千米，西距平果市城区80千米，北距河池市城区180千米。国道210线、355线，马山一大化、马山一上林、周鹿一凤梧（马山段）、乐圩一周鹿在建二级公路，有河池（水任）—南宁、来宾—马山、马山—平果、贺州—巴马高速公路，南宁—贵阳高铁经过县境。

2024年，马山县辖白山镇、百龙滩镇、林圩镇、古零镇、金钗镇、周鹿镇、永州镇、乔利乡、加方乡、古寨瑶族乡、里当瑶族乡11个乡(镇)、134个村、22个社区、2769个自然村屯。