2025年，马山县土地总面积23.41万公顷。其中耕地面积3.60万公顷，园地面积2659.43公顷，林地面积17.24万公顷，草地面积1709.75公顷，城镇村及工矿用地面积8495.57公顷，交通运输用地面积4768.57公顷，湿地面积13.16公顷，水域及水利设施用地面积4996.02公顷，其他土地面积2972.91公顷。

至2025年末，马山县境内已发现矿产资源27种，即煤、泥炭、铁、锰、铜、铅、锌、铝土、钨、锑、金、银、磷、水晶、硅土、滑石、叶蜡石、重晶石、方解石、石灰岩、白云石、砂、粉石英、页岩、高岭土、花岗岩、大理石。主要矿种有滑石、方解石、水泥灰岩、白云石、粉石英、页岩、高岭土等；优势矿种主要有石灰岩。已开发利用的矿种有煤、锰、钨、铁、方解石、叶蜡石、高岭土、白云石、硅灰石、页岩、石灰岩、滑石、石英（包括水晶、粉石英）等13种。全县采矿许可证有效矿山共6个（其中石灰岩矿5个，高岭土矿1个）。全县石灰岩矿分布面积广、储藏量大，主要呈层状，矿石矿物成分以方解石为主，含有少量白云石和泥质，矿石含CaO53.62～54.14%，MgO1.13%～3.23%，适合建设中、大型饰面用和建筑用石灰岩矿山，保有的资源量预计达5亿立方米。

马山县植物资源具有类型齐全、种类繁多的特点。各类资源植物中，以药用植物的种类最为丰富，其次是材用植物、纤维植物、花卉观赏植物。药用植物多为大血藤、凹脉马兜铃、土细辛、何首乌、青天葵等。野生的材用植物多为樟树、石山樟、石山楠、海南蒲桃、香椿等，此外还有栽培的喜树、狗骨木、隆香黄檀、云南石梓、顶果木。纤维植物是指那些植株体内纤维能作为纺织原料、麻袋或作造纸原料等之用的植物，多为买麻藤、瓜馥木、扁担杆、家麻树、锈毛羊蹄甲、龙须藤、藤黄檀、山黄麻等。花卉观赏植物多为香木莲、长叶木兰、假鹰爪、樟树、黄樟、尾叶紫葳、铺地锦、马蹄金、吊竹梅、麒麟尾等。

马山县养殖动物有猪、牛、羊、狗、兔、鱼等 60 余种；两栖动物有细痣疣螈，蛙类，爬行纲类有大壁虎、眼镜王蛇和滑鼠蛇等；鸟纲类有鹎科、太阳鸟科、红耳鹎、栗背短脚鹎、绿翅短脚鹎、叉尾太阳鸟、啄花鸟科和山雀科等。哺乳纲有鞘尾蝠、小菊头蝠、三叶蹄蝠、须鼠耳蝠、赤腹松鼠、红颊长吻松鼠和隐纹花松鼠、豹猫等。截至2025年末，全县有国家重点保护动物22种，其中国家一级重点保护动物1种，林麝；国家二级重点保护动物21种分别为细痣疣螈、虎纹蛙、大壁虎、黑冠鹃隼、黑翅鸢、凤头鹰、松雀鹰、雀鹰、苍鹰、普通鵟、红隼、燕隼、褐翅鸦鹃、小鸦鹃、黄嘴角鸮、领鸺鹠、猕猴、短尾猴、鬣羚、小灵猫、斑林狸。

2025年，马山县辖区内的主要河流属珠江流域西江水系，河流流域集水面积在5平方千米以上有92条，总流域集水面积 3756.4 平方千米，总长度 1067.21千米。其中：流域集水面积5~50平方千米以上75 条，总流域集水面积1006.71平方千米，总长度 582.21千米；集水面积在50平方千米以上的河流16条，其中集水面积在200～1000平方千米的有5条，1000～4000平方千米的有1条，总流域集水面积34.08万平方千米，总长度2807千米。境内最大的河流红水河，从北盘江流入云南省、贵州省，流经县境内的乔利乡、百龙滩镇、金钗镇，境内长度 51.93 千米。最大流量92立方米每秒；最小流量12.85立方米每秒；多年平均流量 40.6立方米每秒，能开发利用水力资源蕴藏量8199 千瓦，地下水 203 处，可利用 92 处，主要地下河 9 条(坡洪河、陇万河、塘头河、临江河、兴华河、大完河、龙昌河、内外河、清水河)，均可开发利用。全县有水库53座，总集雨面积251.08平方千米，总库容1.07亿立方米，有效库容6212.38万立方米，死库容833.65万立方米。其中：中型水库2座（大朗水库和六朝水库），小（一）型水库16座，小（二）型水库35座。

2025年，马山县旅游资源类型有8大类，31个亚类中有22个亚类。在旅游资源单体中，五级资源1个，四级资源4个，三级资源11个。是环大明山生态旅游圈的重要组成部分，主要旅游景区（点）有国家AAAA级旅游景区（水锦·顺庄、弄拉生态自然风景区、小都百旅游景区）3 家、国家AAA级旅游景区（金伦洞、三甲攀岩小镇、灵阳寺景区、古朗瑶乡金银花公园、马山县红糖文化产业示范园）5家，广西四星级乡村旅游区1家（小都百乡村旅游区），广西三星级乡村旅游区3家（古朗瑶乡金银花公园、三甲乡村旅游区、红旗湖乡村旅游区），以及红水河百里画廊、中国玄河（永州暗河）、金钗石林城堡等。